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甲苯胺藍是常用的人工合成染料的一種，屬于醌亞胺染料類，這類染料一般含有兩個發色團，一個是胺基，一個是醌型苯環，來構成色原顯色。染料除有發色團外，還要有能使色原對組織及其他被染物產生親和力的原子團即助色。助色團能促使染料產生電離成鹽類，幫助發色團對組織產生染色力， 使切片上的組織細胞著色。甲苯胺藍不僅含有兩個發色團，還含有兩個助色團，為堿性染料，甲苯胺藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色。可染細胞核使之呈藍色；肥大細胞胞質內含有肝素和組織胺等異色性物質遇到甲苯胺藍可呈異染性紫紅色，可用于尖銳濕疣的初篩及肥大細胞的檢測，例如色素性尋麻疹。
